Ревностный протестант, Эдмунд Дрейк вынужден был бежать с семьей из Кроундейлав Плимут, когда в 1549 г. началось крестьянское восстание. Эдмунд Дрейк устроился корабельным священником. Домом Фрэнсиса, как и родившихся за ним еще 11 детей Эдмунда Дрейка, стал корабль. Читать и писать Фрэнсиса научил отец, и надо сказать, до конца жизни он не был особенно силён ни в том, нив другом. Писание всегда было для него делом утомительным.